अधिकतर यहीं कथा प्रचलित है, कि होलिका नामक असुरी के दहन और विष्णुभक्त प्रह्लाद के सकुशल अग्नि से बच जाने की खुशी में ही होलिका दहन और होली का पर्व मनाया जाता है। परंतु इसके अलावा भी कई पौराणिक कथाएं हैं, जो कि इस प्रकार हैं-
भगवान शिव और कामदेव की कथा-
जब भगवान शिव की पत्नी सती ने अग्नि में प्रवेश किया और अपने पिता दक्ष द्वारा भगवान शिव को दिखाए गए अपमान के कारण मृत्यु को गले लगा लिया, तो वह पूरी तरह से टूट गए थे। उन्होंने अपने कर्तव्यों को त्याग दिया और गंभीर ध्यान में चले गए। इससे दुनिया में विनाशकारी असंतुलन पैदा हो गया, जिससे सभी देवता चिंतित हो गए। इस बीच, सती का देवी पार्वती के रूप में पुनर्जन्म हुआ। वह भगवान शिव से विवाह करना चाहती थी लेकिन भगवान शिव को इसमें कोई दिलचस्पी नहीं थी और उन्होंने उसकी भावनाओं को अनदेखा करना चुना। तब देवताओं ने भगवान शिव को प्रभावित करने के लिए कामदेव को भेजने का फैसला किया ताकि उनके और पार्वती के बीच विवाह संपन्न हो। इंद्र ने कामदेव को बुलाया और उन्हें बताया कि राक्षस राजा तारकासुर को ऐसे व्यक्ति द्वारा ही मारा जा सकता है जो शिव और पार्वती का पुत्र हो। इंद्र ने कामदेव को भगवान शिव में प्रेम जगाने का निर्देश दिया, ताकि वह पार्वती से शादी करने के लिए राजी हो जाएं।
कामदेव, अपनी पत्नी रति के साथ अपने कार्य को पूरा करने के लिए भगवान शिव के पास गए। उस स्थान पर पहुँचने के बाद जहाँ भगवान शिव अपने ध्यान में लीन थे। तभी कामदेव ने पार्वती को अपनी सखियों के साथ आते देखा। ठीक उसी क्षण भगवान शिव भी अपनी ध्यान समाधि से बाहर आ गए थे। कामदेव ने भगवान शिव पर अपने ‘कामबाण’ से प्रहार किया, जिसका उन पर गहरा प्रभाव पड़ा। भगवान शिव पार्वती के अद्भुत सौंदर्य पर मोहित हो गए और उनका हृदय उनके लिए प्रेम से भर गया। लेकिन साथ ही वह अपने व्यवहार में अचानक आए बदलाव से हैरान थे। भगवान शिव ने अपने चारों ओर देखा। उन्होंने देखा कि कामदेव हाथ में धनुष-बाण लिए बायीं ओर खड़े हैं। अब उन्हें पूरा विश्वास हो गया था कि यह वास्तव में यह कामदेव ने ही किया है। अत्यंत क्रोध के परिणाम स्वरूप भगवान शिव की तीसरी आंख खुल गई और कामदेव भस्म हो गए। कामदेव की पत्नी रति फूट फूट कर रोने लगी। उन्होंने शिव से अपने पति को जीवित करने की गुहार लगाई। उसके बाद देवताओं ने भी भगवान शिव के पास जाकर उनकी पूजा की। उन्होंने उन्हें बताया कि यह कामदेव की गलती नहीं थी, उन्होंने उन्हें तारकासुर की मृत्यु का रहस्य भी बताया। तब देवताओं ने उनसे कामदेव को एक बार फिर से जीवित करने का अनुरोध किया।
तब तक भगवान शिव का क्रोध शांत हो चुका था और उन्होंने देवताओं से कहा कि कामदेव द्वापर युग में कृष्ण और रुक्मिणी के पुत्र के रूप में जन्म लेंगे। शंबर नाम का एक राक्षस उसे समुद्र में फेंक देगा। वह उस राक्षस को मार डालेगा और रति से शादी करेगा, जो समुद्र के पास एक शहर में रह रही होगी। तब से कामदेव को भगवान शिव द्वारा भस्म होने को होलिका दहन और उनके पुनर्जन्म की खुशी को होली के रूप में मनाया जाता है।
भगवान श्री कृष्ण और पूतना की कथा-
एक प्रचलित कथा श्री कृष्ण और पूतना नामक राक्षसी की भी है। जब भगवान कृष्ण गोकुल में बड़े हो रहे थे, मथुरा के राजा कंस ने उन्हें खोजने और मारने की कोशिश की। कंस ने कृष्ण के मिलने तक सभी बच्चों को मारने के लिए राक्षसी पूतना को भेजने का फैसला किया। उसने कंस के राज्य में सभी शिशुओं को बेरहमी से मारना शुरू कर दिया। उसने पड़ोसी राज्यों में भी शिशुओं को मारना शुरू कर दिया। चुपचाप घरों में घुसकर, वह बच्चों को तब उठा लेती थी जब उनकी माताएँ या तो सो रही होती थीं या घर के कामों में व्यस्त होती थीं। वह खेतों में काम करने वाले माता-पिता के बच्चों का अपहरण भी कर लेती थी।
राज्य के सभी बच्चों को खत्म करने की अपनी खोज में, पूतना कृष्ण के गाँव पहुँची। वह सूर्यास्त के बाद गाँव में दाखिल हुई ताकि कोई उसे पहचान न सके। वह जहां भी जाती, लोगों को यशोदा और नंदराज के नवजात शिशु के बारे में बात करते सुनती थी। नन्हे बालक के दिव्य रूप को देखकर हर कोई मंत्रमुग्ध नजर आ रहा था। पूतना ने तुरन्त जान लिया कि यही वह बालक है जिसकी उसे तलाश थी। उसने रात गाँव के बाहर बिताने और सुबह कृष्णा के घर जाने का फैसला किया। पूतना ने एक सुंदर स्त्री का वेश धारण किया और के यशोदा और नंद के घर पहुंचीं, जहां यशोदा ने उनका अच्छी तरह से स्वागत किया। उसने अपना परिचय दिया और यशोदा से अनुरोध किया कि वह उसे कृष्ण को खिलाने की अनुमति दे। यशोदा ने भी सोचा कि सुंदर युवती कोई देवी थी और पूतना के अनुरोध पर सहमत हो गई।
पूतना ने नन्हे कृष्ण को गोद में उठा लिया और उसे खिलाने लगी और अपने जहरीले दूध का स्तनपान उसे कराने लगी। उसने सोचा कि कुछ ही मिनटों में कृष्ण निर्जीव हो जाएंगे। इसके बजाय, पूतना को अचानक ऐसा लगने लगा जैसे वह छोटा लड़का उसके जीवन को चूस रहा हो। उसने कृष्ण को अपने से दूर करने की कोशिश की लेकिन ऐसा करने में असमर्थ रही। बच्चे को डराने के लिए वह अपने मूल रूप में वापस आ गई। वह हवा में उड़ने लगी ताकि बच्चा डर कर उसे छोड़ दे। लेकिन सब व्यर्थ था। कृष्ण ने उसे जाने नहीं दिया और अंततः पूतना के पूरे जीवन को चूस लिया। पूतना का निर्जीव शरीर भूमि पर गिर पड़ा और तब से ही पूतना जैसी बुराई के अंत के प्रतीक के रूप में होलिका दहन करने की मान्यता है।
राक्षसी धुंधी की कथा-
एक और कथा राक्षसी धुंधी की है। रघु राज्य की राक्षसी धुंधी भोले-भाले लोगों और विशेष रूप से छोटे बच्चों को परेशान करती थी। ढुंढी को भगवान शिव का वरदान था कि वह देवताओं, पुरुषों द्वारा नहीं मारी जाएगी और न ही गर्मी, सर्दी या बारिश से या किसी भी शस्त्र से पीड़ित होगी। इन आशीर्वादों ने उसे लगभग अजेय बना दिया लेकिन उसमें एक कमजोर बिंदु भी था। उसे भगवान शिव ने भी श्राप दिया था कि वह चंचल लड़कों से खतरे में होगी जो उसे परेशान करेंगे।
राजा ने पुजारी से परामर्श किया, उन्होंने बताया कि फाल्गुन को शीत ऋतु समाप्त हो जाती है और ग्रीष्म ऋतु का प्रारंभ हो जाता है। धुंधी को दूर भगाने के लिए यह उपयुक्त समय होगा। समय आने पर गाँव के साहसी लड़कों ने उससे हमेशा के लिए छुटकारा पाने और उसे गाँव से भगाने का फैसला किया। लड़कों ने लकड़ी और घास का ढेर इकट्ठा किया, उसमें मंत्रों से आग लगा दी, ताली बजाई, आग के चारों ओर चक्कर लगाने लगे। वे भांग के नशे में चूर हो गए और फिर धुंधी के पीछे- पीछे गाँव की सीमा तक, नगाड़े बजाते, शोरगुल करते, गाली-गलौज करते रहे और ऐसा तब तक करते रहे जब तक कि धुंधी हमेशा के लिए गाँव से बाहर नहीं निकल गई। गालियों की मार ने उसके मन की स्थिति को बर्बाद कर दिया, वह भीतर से कमजोर और असहाय महसूस कर रही थी। यहां पर भी बुराई पर अच्छाई की जीत के प्रतीक के रूप में होलिका दहन की प्रथा प्रचलित हुई। आज भी इस मान्यता के सम्मान में लड़के होलिका दहन की रात ढोल नगाड़े बजाते हुए, शोर करते हुए होलिका दहन का पर्व मनाते है।